Государственную аккредитацию проводит Федеральная служба по надзору в сфере образования и науки. Целью государственной аккредитации является подтверждение соответствия качества образования по заявленным для государственной аккредитации образовательным программам, установленным аккредитационным показателям.
На сегодняшний день ННИИТО имеет государственную аккредитации по программам ординатуры согласно свидетельству о государственной аккредитации.